La 15 iulie 2004 Parlamentul Republicii Moldova a adoptat Legea „Codul cu privire la ştiinţă şi inovare al Republicii Moldova” care reglementează activitatea în acest domeniu. Susţinerea cercetărilor ştiinţifice, precum şi stimularea unui climat inovaţional de durată au fost determinate, în conformitate cu legislaţia, drept prioritare pentru dezvoltarea social - economică a Republicii Moldova.

Evoluţia ascendentă a fiecărei ţări este determinată de volumul de tehnologii ştiinţifico-inovaţionale raportat la PIB ceea ce-i extrem de important pentru Republica Moldova, în situaţia în care ea nu dispune de resurse naturale, capabile să contribuie la supravieţuirea economică. În acest context, conducerea republicii a luat decizia de a concentra toate resursele disponibile-umane, materiale şi financiare, în vederea asigurării dezvoltării inovaţionale a ţării. În scopul de a stimula dezvoltarea ştiinţei, a fost adoptată decizia de a spori anual investiţiile în domeniul cercetărilor ştiinţifice, atingînd nivelul de 1% din PIB către anul 2009 (în anul 2003 – 0,17%).

În conformitate cu direcţiile prioritare de dezvoltare social-economică a ţării au fost determinate şi direcţiile strategice de activitate în sfera ştiinţei şi inovării:

1. Edificarea statului de drept şi punerea în valoare a patrimoniului cultural şi istoric al Moldovei în contextul integrării europene.
2. Valorificarea resurselor umane, naturale şi informaţionale pentru dezvoltarea durabilă.
3. Biomedicina, farmaceutica, menţinerea şi fortificarea sănătăţii.
4. Biotehnologii agricole, fertilitatea solului şi securitatea alimentară.
5. Nanotehnologii, inginerie industrială, produse şi materiale noi.
6. Eficientizarea complexului energetic şi asigurarea securităţii energetice, inclusiv prin folosirea resurselor renovabile.

Codul cu privire la ştiinţă şi inovare a schimbat radical rolul Academiei de Ştiinţe a Moldovei în sistemul de organizare şi gestionare a ştiinţei. Academia de Ştiinţe a Moldovei a devenit o organizaţie de interes naţional în sfera ştiinţei şi inovării, coordonator plenipotenţiar al activităţii ştiinţifice şi inovaţionale, forul ştiinţific suprem al ţării, consultantul ştiinţific al autorităţilor publice ale Republicii Moldova.

În cadrul Academiei de Ştiinţe activează şase secţii ştiinţifice:

• Secţia de Ştiinţe Matematice şi Economice
• Secţia de Ştiinţe Biologice
• Chimice şi Ecologice, Secţia de Ştiinţe Fizice şi Inginereşi
• Secţia de Ştiinţe Medicale
• Secţia de Ştiinţe Agricole şi Secţia de Ştiinţe Umanistice şi Arte, care, în conformitate cu profilul său ştiinţific, coordonează atît activitatea ştiinţifică a 38 de organizaţii din sfera ştiinţei şi inovării, cît şi subdiviziunile ştiinţifice din 10 instituţii de învăţămînt superior.

Principalul obiectiv, pe care şi-l propune A.Ş.M., constă în soluţionarea a trei probleme prioritare:

• obţinerea rezultatelor ştiinţifice performante la nivel mondial
• asigurarea ştiinţifică şi de expertiză a celor mai importante decizii ale conducerii ţării
• crearea tehnologiilor de vîrf ce ar asigura sporirea nivelului de viaţă a populaţiei

Recunoscînd prioritatea dezvoltării cercetărilor fundamentale, care constituie o sursă valoroasă de obţinere a noilor cunoştinţe, conducerea Academiei de Ştiinţe orientează concomitent activitatea organizaţiilor din sfera ştiinţei şi inovării spre conversiunea rezultatelor cercetărilor ştiinţifice în dispozitive şi tehnologii noi, în scopul implementării acestora în economia naţională.

În prezent aceste lucrări sint concentrate în 14 programe de stat şi 34 de proiecte de transfer tehnologic în domeniul elaborării noilor surse alternative de energie, al biomedicinei, farmaceuticii, nanotehnologiilor şi obţinerii noilor materiale, menţinerii fertilităţii solului şi securităţii alimentare, creării noilor soiuri de culturi agricole şi protecţiei plantelor etc.

Cercetările în toate aceste domenii se desfăşoară parţial în comun cu cercetătorii din SUA, Uniunea Europeană, ţările CSI, România şi alte state, o parte considerabilă de surse financiare provenind de peste hotare.

Una dintre direcţiile prioritare de activitate a Academiei de Ştiinţe a Moldovei constituie depăşirea stării de izolare a savanţilor din Moldova de ştiinţa globală. Participarea Republicii Moldova la procesul de creare a spaţiului unic ştiinţific european a contribuit la stabilizarea potenţialului ştiinţific al ţării, precum şi la dinamizarea schimbului reciproc avantajos cu comunitatea ştiinţifică a UE.

Un eveniment de anvergură, produs în viaţa ştiinţifică a ţării, a fost semnarea în anul 2000 a Acordului de Cooperare cu Fondul American de Cercetări Civile şi Dezvoltare (CRDF, SUA).