15 июля 2004 года Парламент Республики Молдова принял закон «Кодекс Республики Молдова о науке и инновациях», регламентирующий деятельность в этой сфере. Поддержка научных исследований и разработок, а также стимулирование устойчивого инновационного климата были законодательно определены как стратегический приоритет социально-экономического развития Республики Молдова.

Уровень развития любой страны в настоящее время определяется долей наукоемких технологий в ВВП. Это тем более важно для Молдовы, не имеющей таких природных ресурсов, которые бы могли обеспечить возможность ее экономического существования. Поэтому руководство республики приняло решение о мобилизации всех имеющихся ресурсов: человеческих, материальных и финансовых для обеспечения инновационного развития страны. В целях стимулирования развития науки было принято решение ежегодно увеличивать инвестиции в научные исследования, доведя их до 1% от ВВП к 2009 году (в 2003 году - 0,17 %).

В соответствии с приоритетными направлениями социально-экономического развития страны, были определены и стратегические направления деятельности в сфере науки и инноваций:

1. Построение правового государства и выявление значения культурного и исторического достояния Молдовы в контексте европейской интеграции.
2. Освоение человеческих, природных и информационных ресурсов для устойчивого развития.
3. Биомедицина, фармацевтика, сохранение и укрепление здоровья.
4. Сельскохозяйственные биотехнологии, плодородие почвы и пищевая безопасность.
5. Нанотехнологии, промышленная инженерия, новые продукты и материалы.
6. Повышение эффективности энергетического комплекса и обеспечение энергетической безопасности, в том числе путем использования возобновляемых ресурсов.

Кодекс о науке и инновациях радикально изменил роль Академии наук в системе организации и управления наукой. Академия наук Молдовы стала организацией общенационального значения в области науки и инноваций, полномочным координатором научной и инновационной деятельности, высшим научным форумом страны и научным консультантом публичных властей Республики Молдова.

В системе Академии наук Молдовы шесть научных отделений: Отделение экономических и математических наук, Отделение биологических, химических и экологических наук, Отделение физических и инженерных наук, Отделение медицинских наук, Отделение аграрных наук и Отделение гуманитарных и искусствоведческих наук, которые в соответствии со своим научным профилем координируют научную деятельность 38 организаций в сфере науки и инноваций и научных подразделениях 10 высших учебных заведений.

Сегодня руководство Академия наук Молдовы сосредоточило усилия на решении трех приоритетных задач: достижение мирового уровня проведения фундаментальных научных исследований в стране; научное обеспечение и экспертиза наиболее важных решений руководства страны, создание технологий, обеспечивающих повышение жизненного уровня населения страны.

Признавая приоритет развития фундаментальных исследований, как источника новых знаний, руководство Академии наук одновременно ориентирует организации в сфере науки и инноваций на проведение работ по преобразованию результатов научных исследований в конкретные приборы и технологии с целью дальнейшей их передачи для использования в экономику страны. В настоящее время эти работы объединены в 14 государственных программ и 34 проекта по трансферту технологий в области разработки новых альтернативных источников энергии, биомедицины, фармацевтики, нанотехнологий и получения новых материалов, поддержания плодородия почвы и продовольственной безопасности, создания новых сортов сельскохозяйственных культур и защиты растений и др. Исследования во всех этих направлениях частично проводятся совместно с учеными США, Европейского Союза, стран СНГ, Румынии и других государств, причем существенная часть средств поступает из-за рубежа.

Одним из важнейших направлений деятельности Академии является преодоление изоляции ученых Молдовы от мировой науки. Участие Республики Молдова в создании Единого европейского научного пространства позволило стабилизировать научный потенциал страны, активизировать взаимообмен с научным сообществом ЕС. Значительным событием в научной жизни страны является подписание в 2000 году Соглашения о сотрудничестве Американского фонда гражданских исследований и развития (CRDF, США) c Республикой Молдова.